描画部分以外を透明で使用していた、とは、画像データ上で（パスを選択範囲にして）透明化していたということでしょうか？
それとも単にクリッピングパスを使ったデータ、ということでしょうか？
パスの有無はこの現象に関わりがありますか？
カラーモードは何でしょうか？ベタとはグレースケールのベタでしょうか、CMYKでしょうか？
統合前のレイヤーは一つ…というのは、「背景」レイヤーではなく「レイヤー1」等が一枚だけ、ということでしょうか？
また操作は統合のみで、カラーモード変換等はしていない、ということでよろしいですか。
お使いのPhotoshopバージョンとご使用のOSも合わせて教えてください。
