ごろぴかさん、こんにちは
書かれてはないですが、恐らくは動画ファイルではそうはならないですよね?
特定のM2Vファイルで発生する症状であることをまず確認したいですね。
特定ファイルの問題である場合、このファイルはどのように入手or作成されたものかが気になります。
例えばDVDの中身にあるVOBファイルなど再生専用のファイルはAdobeの編集ソフトでは
クロップされてしまう現象は十分ありえるんじゃないでしょうか。
例えば元のファイルがあってそれをM2Vに変換した…という場合は元のファイルで試してみてください。
とにかく、そのファイルのままでは仰るとおり打つ手なしだと思いますので、
Adobe製品ではない他社ソフトで形式変換したら普通に読み込めたりしませんかね。。
はっきりした回答ではありませんが、何かの糸口になれば幸いです